El IBSAL, en línea con el objetivo estratégico de desarrollo de la Calidad total, ha optado por un sistema de gestión de sus actividades basado en procesos. En este sentido, se ha elaborado un Mapa de procesos del IBSAL.

El Órgano de Gestión del Instituto, junto con el Consejo Rector, son los encargados de revisar anualmente el Mapa de Procesos, así como de aprobar las acciones de mejora propuestas para el mismo. No obstante, el Comité Científico Externo debe ser informado del grado de cumplimiento del mapa de procesos del Instituto y emitir su evaluación. Esta revisión permite la optimización de los procesos desarrollados en el Instituto.