El Instituto de Investigación Biomédica de Salamanca (IBSAL) presenta la siguiente estructura organizativa:
- Órganos de gobierno: Consejo Rector y Comisión Delegada
- Órgano de dirección: Director Científico, Subdirector Científico
- Órganos de consulta: Comité Científico Externo, Comisión de Investigación, Comité Ético de Investigación Clínica, Comité de Bioética
- Órgano de gestión: La Comisión de Gestión de la Investigación del IBSAL, dependiente del Patronato de la Fundación IECSCYL, a través de su Unidad Técnica de Gestión
- Otras unidades: Unidad de Formación, Unidad de Gestión de Calidad