En el Consejo Rector están representados todos los centros que integran el IBSAL.Está constituido por los siguientes miembros:
Excmo. Sr. D. Antonio María Sáez Aguado, Consejero de Sanidad de la Junta de Castilla y León
Excmo. Sr. D. Daniel Hernández Ruipérez, Rector Magnífico de la Universidad de Salamanca (USAL).
Excmo. Sr. D. Emilio Lora-Tamayo D'ocon, Presidente del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).
- Vocales:
- Dr. Eduardo García Prieto, Director Gerente Regional de Salud de Castilla y León
- Dr. Juan José Mateos Otero, Consejero de Educación de la Junta de Castilla y León
- Dra. Dolores González Pacanowska, El/La coordinador/a del Área de Biología y Biomedicina del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.
- Dr. Rafael Sánchez Herrero, Director General de Planificación e Innovación
- Dr. Juan Manuel Corchado Rodríguez, Vicerrector de Investigación y transferencia de la USAL
- Dr. Ricardo García Juan, Gerente del Área de Salud de Salamanca
- Dra. Rafael López Iglesias, Gerente del Hospital Universitario de Salamanca (HUS)
- Dra. Montserrat García Castaño, Directora Médico del HUS
- Dr. Félix Lorente Toledano, Representante de los Investigadores del IBSAL
- Dr. Rogelio González Sarmiento, Director Científico del IBSAL
- Dr. Alberto Caballero García, Director de la Entidad Gestora (con voz pero sin voto)
D. Valentín Pozo Godoy, Técnico Superior de la Gerencia Regional de Salud