El Instituto es el fruto del compromiso de la Gerencia Regional de Salud de la Consejería de Sanidad de Castilla y León en el marco de la estrategia de Especialización Regional Inteligente RIS3. En octubre de 2023 se firma el Convenio entre la Administración central de Castilla y León- representada por el Consejero de Sanidad-, la Universidad de Valladolid y el Instituto de Estudios de Ciencias de la Salud de Castilla y León (ISCYL), que da personalidad jurídica al IBioVALL.

La Gerencia Regional de Salud de la Consejería de Sanidad aporta los centros sanitarios de las Áreas de Salud mencionadas anteriormente mientras que la Universidad de Valladolid participa a través de los servicios y grupos de investigación dirigidos por Personal Docente e Investigador (PDI) que desarrollan su actividad en el Instituto de Biología y Genética Molecular (IBGM), en el Instituto Universitario de Oftalmobiología Aplicada (IOBA) y en los Departamentos y otras estructuras de la Universidad que realizan investigación sanitaria.

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